1) มีผลกระทบต่อ Growth Hormone ซึ่งเป็นฮอร์โมนด้านการเจริญเติบโต และการซ่อมแซมเซลล์ ซึ่งจะหลั่งออกมามากในช่วงประมาณตีหนึ่่ง ซึ่งเราควรจะเข้านอนตั้งแต่ห้าทุ่มได้แล้ว ถ้าเรายังไม่นอนหรือนอนดึกมากๆ มีผลต่อการเจริญเติบโต และการซ่อมแซมเซลล์ที่สึกหรอ หรือเซลล์ที่แก่ๆ ทำให้คนนอนดึกแก่เร็ว แผลหายช้า ส่วนคนออกกำลังกายสร้างกล้ามเนื้อ ก็ทำให้ร่างกายหรือเซลล์กล้ามเนื้อที่อ่อนแอ ไม่ได้รับการซ่อมแซม
2) มีผลต่อนาฬิกา Biological Clock ของเรา ซึ่งเป็นนาฬิกาชีวภาพที่จะปรับชีวิตของมนุษย์ให้เข้ากับแสงสว่าง ทำให้นาฬิกาเบี่ยงเบน หรือเดินผิดปกติ กลายเป็นว่า เวลาที่เคยกินข้าวเช้า ข้าวเที่ยง เวลาหลั่งของน้ำย่อย หรือเวลาการทำงานของวงจรต่างๆ ในร่างกายผิดปกติและผิดเพี้ยนไปมาก .. น้ำย่อยอาจจะไม่ออกมาตอนเที่ยงๆ ปกติ แต่ดันมาทำงานตอน บ่ายสอง บ่ายสาม เป็นต้น หรือเวลาขับถ่ายที่เคยทำงานตอนเจ็ดโมงเช้า ก็ดันไปทำงานตอนเก้าโมง .. เวลาที่เคยนอน 3 ทุ่ม หากเรากลับไปนอนตอน 3 ทุ่มอีก ก็จะรู้สึกว่านอนไม่หลับ เพราะร่างกายคิดว่ามันไม่ใช่เวลานอน..
แต่รวมๆ งานวิจัยหรือนักวิทยาศาสตร์ต่างๆ เค้าบอกว่า การนอนดึกมีผลต่อร่างกายอย่างมาก ทำให้วงจรการทำงานเกือบทุกอย่างมัน เปลี่ยแปลงไป และผิดปกติ